日治時期,日本人為建立日語學校,拆除孔廟並建造第一高等女學校。西元1925年,臺北士紳黃贊鈞、陳培根、辜顯榮等人有意復建孔廟,乃邀請官紳商賈議決建廟規模及募款,聘請泉州名匠王益順來臺,於1927年興工,採典型閩南式建築風格興建孔廟。1930年,大成殿、儀門、崇聖祠與東廡、西廡陸續完工,故舉行中斷三十多年的祭孔典禮。西元1935年,臺北士紳黃贊鈞及辜顯榮等再行勸募,招聘本地工匠續建櫺星門、禮門、義路、黌門、泮宮、泮池及萬仞宮牆,至西元1939年竣工,形成現今所見之規模格局。
西元1951年,創建孔廟相關人員組成臺北孔子廟管理委員會,選臺北市長吳三連為主任委員,推動廟務及祭典。1971年,管理委員會有感「尊孔重道」乃國家大政,乃由創建者後裔辜振甫與陳錫慶代表全體捐獻者,將臺北孔廟呈獻給國家。1972年政府成立臺北市孔廟管理委員會,隸屬民政局管理,1992年臺北孔廟經內政部公告為三級古蹟。